Gunung Merbabu memiliki empat kawasan hutan yaitu hutan dipterokarp bukit, hutan dipterokarp atas, hutan montane, dan hutan ericaceous atau hutan gunung. Pada tahun 2004, area seluas 57 hektar di Gunung Merbabu dinyatakan sebagai taman nasional berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 135/Menhut-II/2004 tanggal 4 Mei 2004.
Gunung Merbabu merupakan gunung api bertipe strato yang saat ini sudah tidak aktif lagi. Gunung ini pernah meletus pada tahun 1560 dan 1797. Pada tahun 1570, Gunung Merbabu juga dilaporkan pernah meletus, tapi belum ada konfirmasi mengenai laporan ini.